Saturday 16 January 2021

Избыточность генетического кода служит для управления скоростью трансляции

David Onofrio, David Abel. Redundancy of the genetic code enables translational pausing. Front. Genet., 20 May 2014 | https://doi.org/10.3389/fgene.2014.00140

The codon redundancy (“degeneracy”) found in protein-coding regions of mRNA also prescribes Translational Pausing (TP). When coupled with the appropriate interpreters, multiple meanings and functions are programmed into the same sequence of configurable switch-settings. This additional layer of Ontological Prescriptive Information (PIo) purposely slows or speeds up the translation-decoding process within the ribosome. Variable translation rates help prescribe functional folding of the nascent protein. Redundancy of the codon to amino acid mapping, therefore, is anything but superfluous or degenerate. Redundancy programming allows for simultaneous dual prescriptions of TP and amino acid assignments without cross-talk. This allows both functions to be coincident and realizable. We will demonstrate that the TP schema is a bona fide rule-based code, conforming to logical code-like properties. Second, we will demonstrate that this TP code is programmed into the supposedly degenerate redundancy of the codon table. We will show that algorithmic processes play a dominant role in the realization of this multi-dimensional code.

Избыточность генетического кода служит для управления скоростью трансляции, которая, в свою очередь, влияет на укладку белка. Код поверх кода -- это круто.

"Мышеловка для Дарвина": новая книга Майкла Бихи

https://www.amazon.co.uk/Mousetrap-Darwin-Michael-J-Behe/dp/1936599910

В только что вышедшей книге автор подробно отвечает на критику оппонентов.

Классическая статья Ховарда Патти о проблемах описания живых систем

Ховард Патти: "Физика символов: эпистемологическое замыкание"

H.H.Pattee, "The Physics of Symbols: Bridging the Epistemic Cut". Biosystems. Vol. 60, pp. 5-21.

Будет время, надеюсь перевести.

Несмотря на то, что автор — эволюционист, из статьи можно вынести много полезного, с точки зрения понимания того, что такое биосемиозис (обработка знаков в живых организмах), почему он жизненно необходим, каковы условия для его осуществления и т.д.

ID и принцип парсимонии

Предположим, вы идёте по полю и находите часы. Как вы думаете, какое из двух объяснений удовлетворяет принципу парсимонии, и почему:

  1. Часы появились в результате природных закономерностей (четырех базовых взаимодействий: сильного и слабого ядерного, электромагнитного и гравитационного) и счастливых™ начальных условий, как-то: требуемых кислотности, освещенности, атмосферного давления, температуры воздуха, хиральности молекул и пр., а также нужных концентраций химических веществ в момент времени t=0.
  2. Часы были целенаправленно собраны человеком по разработанной технологии (далее приводится технологический цикл).

Дебаты 12-летней давности

Посмотрел кусок вот отсюда. Какие-то дебаты 12-летней давности, нарезанные кусками. Почему-то плохое качество. Посмотрел пять минут, больше и смотреть не надо. Всё и так известно.

По сути вот что.

Почему-то с эволюционистами найти общий язык очень тяжело

Когда им говоришь, что у них всё зависит от случая, они отвечают: а как же естественный отбор, чем не закон? А когда им на это отвечаешь, что отбор только отбирает из уже существующего, ничего нового не создавая, они говорят: а случайные мутации кода на что? Хорошо индоктринированному эволюционисту ни за что не докажешь, что новая функция может появляться только если её создавать целенаправленно. Как может появиться сложный функционирующий код, например, операционная система Windows 10?! Только методом разработки: программист, а то и целый отдел, получает ТЗ и вперёд.

Что такое программа?

Всё в той же бестолковой лекции Деннета, которую я всё ещё смотрю:

(остановился примерно на 40-й минуте, потому что записывать комментарии надо почти к каждому предложению, это что-то...) лектором была высказана следующая "глубокая" мысль.

Software is made of bits.

Ниже я привожу небольшую иллюстрацию, показывающую что Деннет вообще не понимает, о чём речь.

В следущих трёх разных строках ОДНО И ТО ЖЕ КОЛИЧЕСТВО бит, равное 200 (или 25 байт).

  1. Software is made of bits
  2. r8__fdjry7r 83,,,%-+///*
  3. строка, состоящая из 24 пробелов

Откуда взялась цифра 200 бит?

Все три строки содержат так называемые ASCII символы, каждый из которых для внутреннего представления требует ровно 1 байт, то есть 8 бит. Всего в каждой строке 24 символа, что соответствует 24 * 1 байт = 24 * 8 бит = 192 бит, необходимых для хранения внутреннего представления строки на диске. К тому же, есть ещё 1 дополнительный специальный символ line feed (1 байт = 8 бит). Этот дополнительный символ был добавлен линуксовым текстовым редактором vi, с помощью которого я создавал все три файла). Итого 192 + 8 = 200 бит (25 байт):

Дэниэл Деннет: Единая теория информации. Критические замечания

Давно я не слушал эволюционных пропагандистов.

Из положительного: лектор хотя бы признаёт существование первоклассных аргументов против того, что он говорит. Он сказал, что ответ на эти аргументы будет в его новой книге. По-моему, это лучше, чем заносчивость. Да, и ещё. Этот автор хотя бы с маленькой буквы intelligent design признаёт. С такими людьми хотя бы можно что-то обсуждать. А то ведь есть такие, кто говорит, что главное -- это гены, а всё остальное, что составляет феномен человека, есть машина для их переноски. С этими деятелями трудно даже найти общие точки соприкосновения.

Обычное эволюционное мифотворчество. Особенно "поразил" его рассказ о том, как однажды прокариоты соединились и bingo! появились эукариоты. От папы эукариотам досталась ДНК, от мамы митохондриальная ДНК. Я испытал примерно то же, что бы испытали вы, когда бы вам рассказали, что однажды OS Solaris бац! и соединилась с OS Windows и с тех пор они продолжили жить в симбиозе. В этом эпическом рассказе меня удивило также и то, что лектор думает, что это должно было получиться всего однажды в истории. А как же достижения популяционной генетики?! Все эти селективные преимущества, вероятности фиксации мутаций в популяции и прочее?!

Запись дня

Нерегулярность и неаддитивность функции

Claude Shannon by Alfred Eisenstaedt / The LIFE Picture Collection / Getty Рассмотрим стандартное возражение эволюционистов*, в котором утве...