Новые сайты по биосемиотике

Upright Biped запустил два новых сайта:

• biosemiosis.org и
• complexitycafe.com,

где в популярной форме обсуждается явление биосемиозиса, заключающееся в использовании знаков в системе трансляции генетической информации, как указатель на дизайн живых организмов. Первый сайт более наукообразный со ссылками на литературу, второй более популярный.

ID-прогнозы

Я достаточно много времени в последние пару недель обдумывал некоторые критические замечания, направленные против ID. Я считаю, что главным критерием научности теории служит не возможность ее фальсификации, а набор производных гипотез, то есть та повестка, которую формирует основная гипотеза. С точки зрения фальсификации у ID никаких проблем нет. Но не в этом дело. Дело в том, что ID ведет к интересной и нетривиальной научной повестке. Вот навскидку то, что прогнозирует ID. Эти прогнозы в корне отличаются от прогнозов дарвинизма.

Фальсифицируемая формулировка гипотезы об интеллектуальном происхождении жизни

Для того, чтобы некоторая теория была фальсифицируемой, теория должна иметь некоторое независимо проверяемое следствие. В случае гипотезы об интеллектуальном происхождении жизни одним из таких следствий может являться наличие управления химическим синтезом живого. Иными словами, если химический синтез живого возможен, то он должен быть управляемым.

Распишем это подробнее.

Генетический код - это не метафора

Сделаю еще одну закладку на хороший комментарий по поводу того, что представляет собой феномен организации. Комментарий отсюда (номер 83, автор Upright Biped). В комментарии содержится ответ на вопрос: если заменить один кодон на другой, получится ли другая аминокислота в белке? Ответ заключается в том, что вставка аминокислоты в полипептидную цепь представляет собой трансляционный эффект. Как и в любой другой системе обработки информации, эффект вызывается одной конфигурацией материи (в данном случае кодоном), а то, каким именно будет эффект, определяется/задается совершенно иной конфигурацией материи (задающей протокол трансляции, в данном случае это криковский адаптер, то есть транспортная РНК, присоединение аминокислот к которой катализируется ферментом аминоацил-тРНК-синтетаза, или aaRS). Между триггером эффекта и самим эффектом не существует непосредственной физической или химической связи.

Хрестоматийная иллюстрация ID

Рис.1. Стоунхендж, Англия. Архитектурное сооружение (мегалит).

Имеется конфигурация камней (рис.1), удовлетворяющая некоторой функциональной спецификации (ориентация в пространстве, форма, настроенность на Солнце и др. звезды в зимнее и летнее солнцестояние и пр.). Мы не знаем доподлинно, как появилась эта конфигурация. Что можно сказать о предполагаемом происхождении данной конфигурации исходя лишь из ее анализа?

Жулики искусственного интеллекта: профессиональный биолог об ИИ

Доктор биологических наук проф. С.В. Савельев объясняет то же самое, о чем говорят ID-шники, только словами биолога. Очень познавательный ролик о том, почему машина не сможет обладать сознанием, и о том, что отличает игру в шахматы от творчества, на которое способен человек, но не способна машина.

Луи Пастер о Боге и о науке

Французский химик и микробиолог Луи Пастер.
Портрет кисти Альберта Эдельфельта, 1885 г.

«Наука приближает человека к Богу».

«Наступит день, когда потомки будут смеяться над глупостью сегодняшних материалистических философов. Чем больше я изучаю природу, тем больше поражаюсь результатам работы Создателя. Я молюсь, когда работаю в лаборатории».

Пол Дирак об эстетике в науке

Британский физик Пол Дирак (1902-1984)

«Теория, красивая математически, имеет больше шансов оказаться верной, чем некрасивая, лишь удовлетворяющая экспериментальным данным» [перевод мой — Е.С.].

Юджин Вигнер о роли математики в естественных науках

Нобелевский лауреат по физике

Юджин Вигнер

(1902-1995)

Цитата из классической статьи Нобелевского лауреата по физике Юджина Вигнера (Eugene Wigner) "Поразительная эффективности математики в естественных науках" (оригинал здесь).

Норберт Винер об информации

Профессор Массачуссетского университета
математик Норберт Винер (1894-1964).
Внес значительный вклад в развитие
кибернетики, науки об управлении.

Information is information, not matter or energy. Any materialism that fails to take account of this will not survive one day.

Абель о пребиотических динамических системах в сильно ненавновесных состояниях

Интереснейшая статья Д. Абеля (кусок из его новой книги «Primordial Prescription»).

Среди прочего автор отмечает, что подозрения, что абстрактный демон Максвелла должен был быть информирован о том, какие процессы разрешать, а какие гасить для организации жизни, возникали уже в 1960-х гг (в статье есть ссылка на работу 1964 г.).

Майкл Дентон о тонкой настройке физических констант, совместимых с жизнью человека

профессор биохимии Майкл Дентон

• Майкл Дентон «Место жизни и человека в природе: в защиту антропоцентризма». 
• Michael J. Denton: The Place of Life and Man in Nature: Defending the Anthropocentric Thesis.

Оригинал в полнотекстовом доступе находится по ссылке на pdf под аннотацией здесь.

Организация и эволюция

«Направленная эволюция» — в корне неверный, бессмысленный и противоречивый термин. Направленность — это то, что по смыслу противоположно эволюции. Эволюция не направлена по определению. Мне кажется, необходимо совсем отказаться от этого оксюморона, поскольку он затемняет суть.

РНК-мир, ДНК-мир, мир белка

Люди упираются и спорят между собою, что было в начале: РНК, ДНК или белок. Однако, ни первая, ни вторая, ни третья гипотеза, упомянутая в заглавии, не способна разрешить всех имеющихся биохимических проблем. Это замкнутый круг, в который они сами себя загоняют, принимая натуралистическую аксиому о саморазвитии материи от простого к сложному.

Сущность биосемиозиса

Великолепный комментарий Upright Biped (взято отсюда, перевод мой — Е.С.). 

Семиозис по определению имеет место в системах, в которых один компонент обозначает, представляет, символизирует, играет роль, является репрезентантом другого компонента. Биосемиозис есть физический процесс передачи и обработки (трансляции) информации в биосфере. Для понимания сути семиозиса необходимо понимание того, что требуется от некоторого объекта для того, чтобы быть репрезентантом другого объекта.

Распространенная ошибка. Разбор полета

Вопреки распространенному мнению передача информации в неживой природе (помимо искусственных систем обработки информации) невозможна без соответствующей настройки.

Физико-химическая разрывность как условие семиозиса

Здесь продолжается обсуждение биосемиотических систем (комментарии 406 пользователь Mung, 430-431 пользователь Upright Biped).

Привожу перевод этих важных комментариев, касающихся физической разрывности как одного из необходимых условий семиотического процесса.

Семантическая биология: цитата

…the word code has largely been used in a metaphorical sense… It is imperative, therefore, to realise that there are organic codes which are not metaphorical but real… Sooner or later, therefore, biologists will have to come to terms with the theoretical implications of this extraordinary fact.

– Marcello Barbieri, The Organic Codes: An Introduction to Semantic Biology

...слово "код" до сих пор употреблялось по большей части в качестве метафоры. Поэтому совершенно необходимо осознать факт существования органических кодов, причем не в метафорическом, а в прямом смысле слова. Рано или поздно биологам придется считаться и с теоретическими следствиями этого удивительного факта.  

– Марчелло Барбиери «Органические коды: Введение в семантическую биологию.» (перевод мой — E.C.)

священник Георгий Максимов: Несколько размышлений об атеизме

Священник Георгий МаксимовНесколько размышлений об атеизмеГотовится к изданию книга священника Георгия Максимова «Что ответить атеисту?» Публикуем отрывок из нее.

Дурная бесконечность - головная боль натуралиста

Jonathan Swift

1667-1745

Джонатан Свифт (из "On Poetry: A Rhapsody"):

So nat'ralists observe, a flea 
Has smaller fleas that on him prey; 
And these have smaller fleas to bite 'em. 
And so proceeds Ad infinitum.

Эволюционное происхождение многоклеточных - еще один эволюционистский миф

Вольвокс. Источник: molbiol.ru

Вольвокс — многоклеточный организм, являющийся излюбленным примером из тех разделов учебников биологии, которые посвящены эволюционным моделям предполагаемого развития многоклеточных.

Моя эпистемологическая позиция

Кто думает, что он знает что-нибудь, тот ничего еще не знает так, как должно знать.

1-е Послание к Коринфянам св. ап. Павла, 8:12

Источник: Vesti.ru

 

Из части отзывов на мои публикации, в том числе самую недавнюю, следует, что мне, видимо, необходимо в каждой последующей публикации, аще таковые будут, повторять несколько ключевых фраз во избежание неверного истолкования моей эпистемологической позиции и неверной интерпретации материала.

Рискуя надоесть читателям этого журнала, все же еще раз конспективно изложу свои мысли на этот счет.

Что необходимо для организации белковой жизни?

Для организации жизни необходимо наличие, как минимум:

Секреционный механизм T6SS одноклеточных

Механизм секреции T6SS. Взято отсюда.

Бактерии используют различные механизмы секреции в процессе жизнедеятельности. Недавно был открыт ранее неизвестный механизм Type 6 Secretion System (T6SS). Бактерия cобирает своеобразную ракету, начиненную токсинами, и выстреливает ею в атакуемую клетку.

«Гамлет», обезьяны и эпистемология

 

Обезьяна за работой. 

Всем известна так называемая теорема о«бесконечных обезьянах», которая утверждает, что абстрактная обезьяна, бездумно бьющая по клавиатуре, при стремлении времени к бесконечности набьет любой заданный текст. Тем не менее, для любого реального отрезка времени вероятность случайного набора текста быстро убывает с увеличением длины последнего. Таким образом, из этой теоремы следует, что, например, текст «Гамлета» (порядка 130000 текстовых символов) имеет практически нулевую вероятность случайного возникновения. Но даже если бы у нас была не одна обезьяна, а столько, сколько атомов в видимой части вселенной (порядка 10⁸⁰), при частоте 1000 ударов по клавиатуре в секунду, то и тогда генерация осмысленного текста такой длины — событие, статистически незначимое в масштабах, на много порядков превышающих оценки возраста вселенной. Столь малые вероятности, как в данном случае, не имеют физического смысла и в практических расчетах должны просто полагаться равными нулю.

Относительно «Гамлета» и обезьян у «естественников», то есть материалистов, не признающих необходимость рассматривать интеллектуальный фактор причинности наравне со случайностью и закономерностью, есть два достаточно серьезных аргумента.

Особенности сложных организованных систем не выявляются средствами термодинамики

Рис.1. Термодинамика организованных систем. Организованной системой является любая сложная функциональная многокомпонентная система (например, живой организм). С точки зрения термодинамики, машиной по созданию организованных систем (например, нового сорта растений) может выступать как интеллект селекционера, так и гипотетическая эволюция. Практика, тем не менее, свидетельствует, что организованные системы являются исключительно результатом интеллектуального процесса принятия решений и их последующей реализации.

Рассмотрение термодинамики сложных систем не позволяет выявить суть феномена организации. Информационная сложность сама по себе его не отражает: при реализации равновероятных исходов случайной величины наблюдатель получает максимум информации (1 бит в случае двух возможных исходов). Информация как оборотная сторона неопределенности недостаточна для рассмотрения организованных систем. Организация предполагает не просто сложность, но функциональную сложность совместного действия частей в контексте целого. Это чрезвычайно важный момент.

Чтобы не ушло в песок (против эволюционистского конька о мусорной ДНК)

ДНК. Источник.

 

Солидная аргументация в пользу ID в контексте разбора концепции мусорной ДНК: см. комментарий 30 от пользователя JoeCoder здесь.

Новая книга Дэвида Абеля "Primordial Prescription"

Книга выложена в свободный доступ здесь. Тематика: происхождение жизни, кибернетика и биосемиотика.

Учение прп. Максима Исповедника и распознавание дизайна

прп. Максим Исповедник († 662)

Учение прп. Максима о логосах и тропосах твари (кратко см. здесь) может рассматриваться как философское основание распознавания дизайна (Intelligent Design).

Фальсификация механицизма в вопросах моделирования разума

Джон Рэндолф Лукас (род. 1929)

Британский философ Джон Лукас в своей знаменитой статье "Minds, machines and Goedel" фактически опровергает механицистский взгляд на проблему искусственного интеллекта.

К невозможности сильного искусственного интеллекта

Для того, чтобы машина, условно говоря, стала человеком, человек должен стать богом. Человеку невозможно добиться того, чтобы машина осознавала себя, обрела то внутреннее «я», которое и является сознанием.

Действительно ли машины обучаются?

В последние несколько десятилетий наблюдается развитие области вычислительной математики, которая называется машинным обучением. Существует расхожее мнение, что машинное обучение есть обучение машин, но не обучение с помощью машин. Давайте разберемся, действительно ли, как говорят, машины обучаются.

Основное внутреннее противоречие натурализма

Внутренним противоречием натурализма является атеизм.

Эволюционизм невозможно опровергнуть, его нужно отвергнуть

Вопрос не в том, есть ли эволюция. Безусловно, эволюция как изменение биоты во времени существует и наблюдается. Проблемы — в установлении реальных границ эволюции. В рамках эволюционизма эволюция полагается принципом бытия (Поппер) и объяснительной рамкой, из которой необходимо исходить при научном моделировании. Следовательно, сам вопрос о границах эволюции снимается легким движением руки. «Должно быть так, а не иначе».

Первичность логики по отношению к физической реализации систем обработки информации

Подытожу свои размышления по поводу проблем эволюции, эволюционирования и интеллектуального происхождения биосистем.

Почему именно макромолекулы?

Джон фон Нейман задает такой вопрос: почему молекулы, использующиеся для построения живых организмов именно такие?

К источникам по биосемиотике

Еще одна интересная монография по биосемиотике.

Интересный исторический обзор исследований по абиогенезу

Здесь находится замечательный, на мой взгляд, исторический экскурс в исследования происхождения жизни: (часть 1, часть 2, часть 3, часть 4, часть 5). Автор — священник Александр Цыганков, биолог, в прошлом работавший под руководством акад. А.И.Опарина.

Некоторые комментарии.

Обзор литературы по вопросам самоорганизации

Дэвид Абель (David Abel)

Обзор литературы по вопросам самоорганизации и моделей происхождения жизни, сделанный Д.Абелем.

Насколько биология зависит от физики?

По замечанию Ховарда Патти [1], биологам нет особого дела до того, существуют ли вообще адекватные физические или математические модели поведения живых организмов.

Различные школы науки о жизни по Ховарду Патти

Ховард Патти (Howard Pattee)

Привожу классификацию по [1].

Фундаментальная проблема науки о жизни по Карлу Пирсону

В своей в работе «Грамматика науки» британский математик Карл Пирсон¹ так сформулировал проблему, центральную для науки о жизни:

Лев Николаевич как лишняя сущность

Убежденный эволюционист видит «Войну и мир» и говорит, что такой фолиант сам собою написался под действием мутаций и естественного отбора среды и что вводить в объяснение Льва Николаевича — лишнюю сущность — значит неоправданно усложнять картину. Voila.

Вырожденность аминокислотных строк и эпистасис: реальные возможности дарвиновской эволюции

Здесь (обзор статьи здесь) описываются результаты исследования специалистами MIT конкретного белок-белкового взаимодействия на предмет плотности решений в пространстве состояний аминокислотных последовательностей, достижимых в рамках дарвиновской эволюции.

Передача информации, Шеннон и интеллект

Клод Шеннон (1916—2001), 
создатель математической теории информации связи

Представьте себе, что вы идете по дороге и видите под ногами на асфальте надпись мелом: «Здесь был Вася».

Интересная мысль

Пользователь живого журнала dobr_i_trezv в интересной записке «Религия и наука» отмечает следующее:

Будущее биологии: акцент на семиотические системы

Интересная книга, посвященная рассмотрению биологических систем как знаковых.

Литература

1. Claus Emmeche, Kalevi Kull (2011): Towards a Semiotic Biology: Life is the Action of Signs, Imperial College Press, London.

Еще один ID-шный комментатор

Обращаю внимание читателей на замечательного автора и комментатора блога uncommondescent.com, выступающего с позиций ID. Это пользователь с ником Upright Biped. Во-первых, сразу видно, что это глубоко разбирающийся в проблеме специалист. Во-вторых, я благодарен в первую очередь именно ему за его профессиональные комментарии по вопросам семиотических систем, явившиеся для меня ключевыми в выработке собственной позиции по вопросу распознавания дизайна.

Об ученых и поэтах

Помню, меня неприятно удивила одна цитата [К.Ю. Еськов, "История Земли и жизни на ней"], где утверждалось, что наука помогла, наконец, распрощаться с «мистическим ореолом жизни». Как же, — подумал я тогда, — они хотят убить, вскрыть, препарировать всякую тайну! Вместо созерцания хирургическое вмешательство. Но тут есть искушение обвинить всякого ученого в этом желании «поверить алгеброй гармонию» и «разъять музыку, как труп». Может быть, желание убийства тайны живет не во всех ученых?

Гены - это объекты программирования?

Недавно я обсуждал с биологами проблему интерпретации генов в терминах информационных технологий. Я выступал с позиции того, что гены - это данные, а то, что их считывает и обрабатывает, соответственно, - процессор. Как выясняется, там все сложнее.